化能異養(yǎng)菌（氧化還原物質(zhì)獲得能量，將有機(jī)碳同化為細(xì)菌物質(zhì)，如枯草芽孢桿菌）

光能異養(yǎng)菌（俘獲太陽(yáng)輻射能為能量，將有機(jī)碳同化為細(xì)菌物質(zhì)，如紫色非硫細(xì)菌）

化能自養(yǎng)菌（氧化還原物質(zhì)獲得能量，將無(wú)機(jī)碳同化為細(xì)菌物質(zhì)，如硝化細(xì)菌）

光能自養(yǎng)菌（俘獲太陽(yáng)輻射能為能量，將無(wú)機(jī)碳同化為細(xì)菌物質(zhì)，如紅硫細(xì)菌）

 好氧菌（以氧氣作為最終電子受體，如枯草芽孢桿菌）

厭氧菌（以有機(jī)小分子或無(wú)機(jī)氧化物作為最終電子受體）

以有機(jī)小分子做電子受體，如乳酸桿菌

以氮氧化物做電子受體，如脫氮桿菌

以鐵氧化物做電子受體，如鐵還原菌

以錳氧化物做電子受體，如錳還原菌

以硫氧化物做電子受體，如脫硫桿菌

以二氧化碳做電子受體，如沼氣產(chǎn)生菌

兼性好氧菌（有氧時(shí)以氧氣為最終電子受體，無(wú)氧時(shí)以無(wú)機(jī)氧化物作為最終電子受體）

球菌（如葡萄球菌、鏈球菌）

桿菌（如芽孢桿菌、大腸桿菌）

弧菌（如溶血弧菌、霍亂弧菌）

螺旋菌（如鉤端螺旋菌、幽門螺旋菌）

按著色結(jié)果分類

革蘭氏陽(yáng)性菌（革蘭氏染色顯陽(yáng)性，如金黃色葡萄球菌、枯草芽孢桿菌）

革蘭氏陰性菌（革蘭氏染色顯陰性，大腸桿菌、肺炎桿菌）

可培養(yǎng)細(xì)菌

不可培養(yǎng)細(xì)菌

還有一些以特征命名的，如能產(chǎn)乳酸的細(xì)菌都稱為乳酸菌；能形成芽孢的桿菌，都稱為芽孢桿菌。

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